میکروسکوپ

(LM) از نور مرئی برای نشان دادن ساختار های سلولی بهره می برد.نور مرئی از نمونه عبور کرده و نهایتا به عدسی شیشه ای می رسد. عدسی ها نور را به گونه ای می شکنند که تصویری بزرگ شده از نمونه به چشم می رسد. کنند این میکروسکوپ های مرکب نامیده می شوند زیرا شامل دو عدسی شیئی و چشمی است که برای تشکیل تصویر به هم کمک می کنند .

(TEM) در این میکروسکوپ نمونه را در نوعی پلاستیک ، قالب گیری کرده و سپس با تیغ الماسی یا شیشه ای به قطعات بسیار نازک ۵۰ تا ۱۰۰ نانومتری برش می دهند . برای دست یابی به کنتراست مناسب ، نمونه های آماده سازی شده با رنگ هایی مثل اسمیک اسید یا نمک های پرمنگنات ، اورانیوم ، لانتانیوم ، یا سرب تیمارمی شوند (زیرا این مواد از اتم هایی با وزن اتمی بالا تشکیل شده است و الکترون ها را به خوبی متفرق می کند و کنتراست را افزایش می دهد).بعد برش ها را روی یک صفحه یا توری فلزی کوچک قرار می دهند . پرتوی الکترونی از نمونه عبور می کند و نهایتا روی یک صفحه ی فلورسانت می افتد.با این روش امکان مشاهده ی تک ملکول های پروتئین و نو کلئیک اسید نیز وجود دارد.اگر تنها مشاهده ی ویژگی های خارجی یک نمونه مد نظر باشد ، تهیه ی برش های نازک لازم نیست . سلول های دست نخورده یا محتویات آن را می توان به طور مستقیم با TEM و به کمک تکنیکی به نام رنگ آمیزی منفی مشاهده کرد.

(SEM) روش دیگر برای مشاهده ی ویژگی های خارجی یک نمونه استفاده از میکروسکوپ الکترونی نگاره است. درکار با این میکروسکوپ نمونه با لایه ی نازکی از یک فلز سنگین مثل طلا پوشانده می شود. سپس یک پرتو الکترونی با حرکت عقب و جلو سطح نمونه را اسکن می کنند. الکترون های متفرق شده از سطح پوشش فلزی جمع آوری می شود و یک صفحه ی نمایش را فعال کرده و تولیدتصویر می کند.در این میکروسکوپ پرتوی الکترونی از درون نمونه عبور نمی کند و معمولا سطح نمونه قابل مشاهده است.